El mar Caspio, a pesar de su nombre, es el mayor lago del mundo. Se trata de un lago endorreico, de aguas saladas, de 371.900 km² de superficie y una cuenca de 3.626.000 km². Su eje norte-sur mide 1.210 km, y el este-oeste, entre 210 y 436 km. Su principal río afluente es el Volga, además de otros ríos importantes como el Ural, el Emba y el Kura. Rusia comparte sus orillas con Azerbaiyán, Irán, Turkmenistán y Kazajistán. La principal ciudad del entorno del lago es Bakú (Azerbaiyán), Astracán y Derbent entre las rusas. La superficie del agua se encuentra a 28 metros bajo el nivel del mar. Se mantiene por debajo del nivel del mar gracias a la intensa evapotranspiración de la zona. Su costa sur es abrupta ya que se levanta el enorme murallón de los montes Elbruz, en Irán. El Cáucaso irrumpe, también abruptamente, sobre la costa, en cuyo extremo se aloja la ciudad de Bakú. Al norte, por el contrario, se extiende la enorme llanura de las estepas siberianas. Destaca el golfo de Kara-Bogaz Gol, un golfo muy cerrado al este del lago de muy poca profundidad y muy rico en industria salina.
El lago Baikal es el segundo lago más grande de Rusia, y el más grande de agua dulce. Tiene una superficie de 31.494 km², se encuentra a una altitud de 456 metros, y tiene una profundidad de 1.637 m, lo que le convierte en el lago más profundo del mundo y muy por debajo del nivel del mar. Por sus dimensiones contienen el 20% del agua dulce de planeta. Los principales ríos afluentes son los ríos Selengá, Chikoy, Jiloj, Udá, Barguzín y Angará, y el único río de desagüe el río Angará, afluente del Lena. Tiene unas 22 pequeñas islas. La mayor es Oljón, de 72 km de largo. Se trata de un lago de origen tectónico, encajado entre grandes montañas. Se ha formado por una profunda fisura que se ensancha unos dos centímetros cada año. Es una zona sísmicamente activa. Sin los aportes sedimentarios la profundidad del lago se calcula en 9 km. Sus aguas son extraordinariamente transparentes, aunque desde la construcción del Transiberiano sufre problemas crecientes de contaminación.
El lago Ladoga es el más grande de Europa. Se encuentra en el entorno de los lagos bálticos y escandinavos, una de las grandes zonas lacustres del mundo. Es un lago de origen glaciar. Tiene una superficie 17.700 km² y 230 m de profundidad. Lo alimentan los ríos Svir, Vóljov y Vuoksi, y desagua por el río Neva. Se encuentra muy cerca de la frontera de Finlandia y de las costas del Báltico. En la desembocadura del Neva está San Petersburgo.
El lago Onega tiene una superficie de 9.894 km² y una profundidad media de 120 m. Sus principales ríos afluentes son los ríos Suna, Shuya, Andoma, Vodla y Vytegra; y desagua a través del río Svir. En su interior hay alrededor de 1.370 islas. La ciudad principal que se encuentra en sus orillas en la de Petrozavodsk. Se encuentra en el entorno de los lagos bálticos, un poco hacia en interior de Rusia. El lago Onega es clave en el sistema de canales que comunica el Báltico con el mar Negro a través de los ríos Moscova y Volga. por un lado y el lago Ladoga, por el otro.
El lago Taimyr tiene una superficie de 6.990 km², y una profundidad máxima de 26 metros. Es un lago del entorno báltico, que se encuentra muy al norte, en la península de Taimyr, rodeado de montañas. Permanece helado de septiembre a junio. Se caracteriza por sus costas extraordinariamente recortadas.
El lago Janka se encuentra en la frontera entre China y Rusia. Tiene una superficie de 4.190 km² y una profundidad media de 4,5 metros. Desagua a través del río Songacha, afluente secundario de Amur. Sus aguas se caracterizan por ser extraordinariamente transparentes.
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